ไฟนอลแฟนตาซีภาคนี้มีตัวละครที่บังคับได้ในฉากต่อสู้ 3 ตัว การบังคับตัวละครสามารถบังคับได้อิสระเพียงตัวเดียว ส่วนอีกสองตัวจะใช้ระบบออปติมาซิสเทม หรือพาราไดม์ชิฟท์ในภาคภาษาอังกฤษ เพื่อกำหนดบทบาทตัวละครที่ไม่ได้บังคับว่าจะเน้นการกระทำแบบใดในการต่อสู้ เช่น โจมตีอย่างรุนแรง โจมตีต่อเนื่อง ป้องกัน เป็นต้น
ก่อนการต่อสู้ ตัวละครจะสามารถเห็นตัวศัตรู และค่าพลังชีวิต (HP) ของศัตรูได้ก่อนการต่อสู้ เมื่อสัมผัสศัตรูจะมีการตัดคัทซีนเข้าสู่ฉากต่อสู้แทบจะทันที และเมื่อจบการต่อสู้ เกมจะแสดงเวลาในการกำจัดศัตรู คอมโบสูงสุด จำนวนการโจมตีเบรก และการประเมินการต่อสู้ในแต่ละรอบ แสดงเป็นจำนวนดาว สูงสุดที่ 5 ดาว
สำหรับระบบการต่อสู้จะนำระบบแอกทีฟไทม์แบทเทิล (ATB) กลับมาใช้อีกครั้ง โดยเป็นการใส่คำสั่งโดยมีการกำหนดในแต่ละคำสั่งว่าจะใช้แถบ ATB กี่หลอด (เรียกค่า ATB ในแต่ละคำสั่งว่า "คอสต์พอยท์") เมื่อใส่คำสั่งแล้วเมื่อแถบเวลาเต็มตัวละครจะดำเนินการอย่างต่อเนื่องจนหมด เทิร์นของตัวละครนั้นๆ ดังนั้นเวทมนตร์ในภาคนี้จะไม่ใช้ค่า MP นอกจากนี้ไฟนอลแฟนตาซี XII ยังมีสถานะเบรกเป็นระบบใหม่ โดยเมื่อตัวละครโจมตีต่อเนื่องจนศัตรูตอบโต้ไม่ได้ในระยะเวลาหนึ่ง ตัวศัตรูจะเรืองแสงสีแดง เมื่อผู้เล่นโจมตีศัตรูในสภาวะนี้จะเกิดความรุนแรงมาก สถานะเบรกมีระยะเวลาจำกัด เมื่อแถบเชนที่มุมขวาบนของจอลดลงจนหมด ภาวะเบรกจะสิ้นสุดลง
มนต์อสูรในภาคนี้จะมีส่วนร่วมกับตัวละครในการต่อสู้มากขึ้น โดยระบบที่เรียกว่า ไดรฟ์โหมด หรือเกสตัห์ลโหมดในภาคภาษาอังกฤษ โดยอสูรจะแปลงเป็นพาหนะให้ตัวละครขับขี่เพื่อใช้ท่าโจมตีพิเศษที่สามารถใช้ ได้เฉพาะโหมดนี้ เช่น ชีวาจะสามารถแปลงเป็นมอเตอร์ไซค์ โอดินแปลงเป็นม้า เป็นต้น แต่ละคนจะมีมนต์อสูรได้เพียงคนละหนึ่งตัวเท่านั้น นอกจากนี้ มนต์อสูรยังมีบทบาทในเนื้อเรื่องหลักของเกมอีกด้วย มนต์อสูรแต่ละตัวจะได้จากการต่อสู้เช่นเดียวกับไฟนอลแฟนตาซี XII
การพัฒนาตัวละครในไฟนอลแฟนตาซีภาคนี้จะไม่ใช้ระบบค่าประสบการณ์ แต่จะใช้ระบบคริสตัล (Crystallium System) ซึ่งมีความคล้ายคลึงกับระบบกระดานสเฟียร์ในไฟนอลแฟนตาซี X นั่นคือ เมื่อจบการต่อสู้แต่ละรอบ ตัวละครจะได้รับแต้มคริสตัล (Crystallium Points:CP) สำหรบการเดินในโครงข่ายคริสตัล เพื่อเพิ่มความสามารถให้แก่ตัวละคร โดยในโครงข่ายจะประกอบด้วยอบิลิตี้ที่จับกันเป็นรูปแผ่นจาน และมีอบิลิตี้อื่นๆ แตกสาขาออกไปรอบๆ อีกด้วย CP ที่ได้จะมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับระดับคริสตัล (Crystallium Points:CL) ซึ่งจะเพิ่มมาเองเมื่อดำเนินเนื้อเรื่องไปเรื่อยๆ เป็นตัวแปรสำคัญ
สำหรับอาวุธในภาคนี้จะมีระดับ (เลเวล) และค่าประสบการณ์ ซึ่งค่าดังกล่าวจะเพิ่มเมื่อผู้เล่นนำวัตถุดิบที่ได้จากมอนสเตอร์และ/หรือ สมบัติตามทางมาอัพเกรดอาวุธ เมื่อค่าประสบการณ์เพิ่มถึงระดับหนึ่ง ระดับอาวุธจะเพิ่มขึ้น ซึ่งจะมีผลต่อประสิทธิภาพของอาวุธ รวมทั้งรูปร่างของอาวุธจะมีการเปลี่ยนแปลงด้วย
ไฟนอลแฟนตาซี XIII จะกล่าวถึงโลกที่มี"ฟาลซี" (fal'Cie) วัตถุที่มีคริสตัลอยู่ภายใน ผู้ที่ถูกเฟลซีย์เลือกเพื่อภาระสำคัญจะเรียกว่า "ลูซีย์" (l'Cie) หากลูซีย์ผู้ใดสิ้นชีวิตก่อนภารกิจสำเร็จจะแปลงสภาพเป็นมอนสเตอร์ที่เรียก ว่า "ซีคอร์ปส" (Cie Corpses) โลกทัศน์ของภาคนี้แบ่งออกเป็นสองส่วนใหญ่ คือ "โคคูน" และ "พัลส์" หรือชื่อเต็ม "กรังพัลส์" (Gran=Pulse) โดยทั้งสองโลกมีฟาลซีย์เป็นของตนเอง ในเกมประชากรในโคคูนเริ่มกังวลว่าพวกเขาอาจถูกขับมายังพัลส์ โลกที่พวกเขาคิดว่าเป็นเหมือนนรก